Wszystko zależy od tego, jakie masz wymagania. Ze swojej strony mogę polecić
Gnuplot lub cały pakiet
Octave. Obsługa może być na początku problematyczna, ale ilość dostępnych funkcji jest naprawdę pokaźna. Z nieco prostszych aplikacji:
DeadLine,
ZGrapher. Kolejny z serii to
QtiPlot - potężne, ale niestety płatne narzędzie.