Ściślej to win98 nie obsługuje ntfsów, choć to raczej mało ważne
Po co ci jedna dwa windowsy? Nie lepiej walnąć sobie linuxa, który ma GRUBa - program właśnie do tego.
Możesz mieć i trzy windowsy i pięć linuxów, ale to naprawdę jest bez sensu.
Jeden system wystarcza, ale jeśli koniecznie chcesz mieć te dwa, to zrób sobie najpier kopię pliku boot.ini a konkretnie linii w której jest deklarowany system. Zapisz na kartce najlepiej. Jak zainstalujesz win2000 i nie będzie wyboru to otworzysz plik boot.ini (na dysku c:\, zawsze) i dopiszesz to, co było. Zadziała
