Chyba że masz te same Chipsety to możliwe byłoby uruchomienie systemu Windows przez tryb awaryjny ale z tego co wyczytałem to na 100% musisz reinstalować system, nie da się tego obejść ponieważ system załadował sterowniki pod twój mikromoduł płyty głównej a co za tym idzie, że uruchamia się sukcesywnie tylko pod danym podzespołem (czyli starszą płytą główną).
Windows w trakcie instalacji przypisuje na sztywno dysk do kontrolera - jeżeli coś nie odpali dalej to otrzymasz tzw. Niebieskiego ekrana

"
UNMOUNTABLE BOOT DEVICE".
Pozdrawiam